En 2005 la inversión del CONACYT fue de 5,032.8447 millones de pesos, cifra menor en 5.1 por ciento en términos reales respecto a lo ejercido en 2004. Debido a las restricciones en el presupuesto público federal, el comportamiento presupuestal del Consejo fue poco favorable a partir de 2004.

En 2005 la participación del CONACYT dentro del Gasto Federal en Ciencia y Tecnología se ubicó en 16 por ciento, porcentaje inferior en 1.4 puntos porcentuales respecto al registrado el año anterior. A partir de 2002 se crea el Ramo 38: Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, constituido por el CONACYT y los Centros Públicos de Investigación CONACYT.

Durante 2005, el CONACYT participó con el 55 por ciento de recursos públicos canalizados al Ramo 38 mientras que las entidades que conforman los Centros de Investigación CONACYT participaron con 45 por ciento.

Los principales rubros a los que se destinó el gasto del CONACYT en 2005 fueron los siguientes: 25.0 por ciento a proyectos de investigación científica y desarrollo tecnológico; 39.9 por ciento al Programa de Becas- Crédito, y 25.3 por ciento al Sistema Nacional de Investigadores (SNI). Cabe señalar que el apoyo al SNI y a Becas para Estudios de Posgrado aumentaron su participación en 2.6 y. 6.1 puntos porcentuales respecto al año anterior, mientras que la participación de proyectos de investigación científica y desarrollo tecnológico disminuyó 14 puntos porcentuales.

En 2005 se apoyó a 2,645 estudiantes con recursos por 695.7 millones de pesos para que realizaran sus estudios de posgrado en instituciones educativas localizadas fuera del país, esto representó una disminución en el número de becarios apoyados de 4.8 por ciento respecto al año anterior.

Gran Bretaña y Estados Unidos de América se mantuvieron como los principales destinos de los becarios mexicanos. Estos países captaron 25.3 y 23.1 por ciento de los becarios, respectivamente, seguidos por España con 16.6 por ciento, Francia, con 13.1 por ciento, y Canadá con 7.0 por ciento. Cabe señalar que Estados Unidos redujo su participación en 0.9 puntos porcentuales, mientras que Gran Bretaña disminuyó su participación en 1.7 puntos porcentuales.

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